行政事業(yè)單位內(nèi)部控制工作存在諸多問題，這些問題的存在, 既制約了行政事業(yè)單位的工作效率和效果, 同時也影響了財政“節(jié)流”任務的完成和部門預算制度的實施。

缺乏高水準內(nèi)控管理人員

從整體來看，事業(yè)單位內(nèi)控人員的素質(zhì)偏低，尤其在一些基層單位，內(nèi)控知識缺乏，或缺少相應的內(nèi)控經(jīng)驗，內(nèi)控人員難以勝任工作，不能有效的實現(xiàn)內(nèi)部控制所預測的效果，導致內(nèi)控執(zhí)行時缺乏必要的力度，使內(nèi)控失效。

通過對企業(yè)的財務進行控制和評價，可以為企業(yè)的經(jīng)營者提供必要的參考，對企業(yè)的財務狀況有一個清晰明確的認識，進而根據(jù)企業(yè)的實際狀況，選擇正確的經(jīng)營方向。財務內(nèi)部控制體系可以對企業(yè)的財務進行分類和歸納總結，使財務的收集情況更加明了，從而提高財務管理的透明度，有效避免壞賬、爛帳和糊涂賬的發(fā)生，為企業(yè)的財產(chǎn)安全提供保障。

第二，內(nèi)部控制本身控制模式來講，未上市公司或準備上市的公司來講，很容易想到我的報告體系合乎不合乎我們國家的要求，合不合乎薩班斯的要求，就是合規(guī)和報告為目標。也就是說我們當前的內(nèi)部控制是以企業(yè)財務報告為載體的內(nèi)部控制模式，以財務報告為載體的內(nèi)部控制模式，不僅影響著我們的實務，還影響著我們的理論性研究和學術性研究，這是一個非�，F(xiàn)實的問題。

企業(yè)的經(jīng)營和發(fā)展離不開國家宏觀調(diào)控的支持，而企業(yè)自身的財務狀況則決定了企業(yè)對于國家相關調(diào)控的接受速度和執(zhí)行能力。只有具備較為完善的財務控制評價體系，保證企業(yè)自身發(fā)展的合理有序進行，才能以最快的速度對國家的宏觀調(diào)控作出反應，保障國家相關政策的順利實行。

事業(yè)單位應把業(yè)務過程和財務管控有機地結合起來，讓財務控制滲透到業(yè)務活動的每個環(huán)節(jié)，只有這樣，才可能避免業(yè)務過程中的舞弊。

內(nèi)部控制是指在一個單位內(nèi)部，為了保證業(yè)務活動的有效進行，保護資產(chǎn)的安全和完整，防止、發(fā)現(xiàn)、糾正錯誤與舞弊，保證會計資料的真實、完整而制定和實施的政策與程序。加強企業(yè)的內(nèi)部控制有利于防止企業(yè)資產(chǎn)的的流失，實現(xiàn)資本的保值增值，保證會計信息的真實性和準確性，增強決策的科學性，有效地防范公司經(jīng)營風險，強化公司管理，減少決策失誤，降低道德風險，提高經(jīng)濟效益。它已經(jīng)成為衡量現(xiàn)代企業(yè)管理水平的重要標志之一，完善企業(yè)內(nèi)部控制制度，保證會計信息的質(zhì)量，對于完善公司治理結構和信息披露制度，保護投資者的合法權益并保證資本市場的有效運行有著非常重要的意義。因此，如何加強和完善企業(yè)的內(nèi)部控制，已經(jīng)成為各方面關注的熱點問題。