學校科研實力雄厚，是國家科技部新藥臨床試驗研究(GCP)中心、國家教育部中藥炮制規(guī)范化及標準化工程研究中心、江蘇省植物藥深加工工程研究中心、江蘇省海洋藥物研究開發(fā)中心、江蘇省中藥質量控制工程技術研究中心的依托建設單位。學校現(xiàn)有1個國家教育部工程研究中心、3個點省部級工程研究中心、2個省重點研究機構、1個江蘇高校協(xié)同創(chuàng)新中心、1個省部共建針藥結合重點實驗室、3個國家中醫(yī)藥管理局重點研究室、6個江蘇省重點實驗室、8個國家中醫(yī)藥管理局三級實驗室、1個國家中醫(yī)藥管理局二級實驗室、2個南京市工程技術研究中心、2個校級重點實驗室。學校構建形成了“一個中心、四大板塊”的科技平臺布局，即江蘇省中醫(yī)藥研究與新藥創(chuàng)制中心和南京中醫(yī)藥大學科技園、南京高新技術開發(fā)區(qū)中藥產業(yè)園區(qū)、中國醫(yī)藥城中醫(yī)藥研究院、江蘇生命科技園，加快推進“產、學、研”結合，積極為地方經濟社會發(fā)展服務。

學校治學嚴謹，學術氛圍濃厚，名家云集，人才輩出，涌現(xiàn)出了一批又一批蜚聲海內外的專家、學者，培養(yǎng)并誕生了9位“國醫(yī)大師”(占全國的三分之一)、5位中醫(yī)藥界院士(占全國的二分之一)。近年來，先后有10余人次榮獲“國家級有突出貢獻中青年專家”、“國家教學名師”、“全國模范教師”、“全國優(yōu)秀教師”、“全國先進工作者”、“全國師德建設先進個人”等各類全國性榮譽稱號和表彰。

學校是世界衛(wèi)生組織(WHO)傳統(tǒng)醫(yī)學合作中心、國家衛(wèi)生部確定的國際針灸培訓中心、全國中醫(yī)師資進修教育基地、中國中醫(yī)文獻檢索中心分中心，同時也是首批獲國家教育部批準接受和培養(yǎng)外國留學生及臺港澳地區(qū)學生的高等中醫(yī)藥院校。2011年6月20日，學校與澳大利亞皇家墨爾本理工大學合作建立了全球首家中醫(yī)孔子學院，時任國家副主席出席了揭牌儀式并發(fā)表重要講話。學校目前與世界90多個國家和地區(qū)有著廣泛交流和聯(lián)系，并與世界30多個國家和地區(qū)的政府、高等院�；驅W術團體及機構建立了友好合作關系，具有較高的國際聲譽和影響力。 面向未來，南京中醫(yī)藥大學將進一步繼承和發(fā)揚辦學的優(yōu)良傳統(tǒng)和作風，不斷深化體制機制改革，大力實施“人才強校、質量興�！睉�(zhàn)略，加強內涵建設，提升辦學水平，通過辦學規(guī)模、結構、質量、效益的協(xié)調發(fā)展，積極創(chuàng)建“國內一流、國際著名”的研究教學型中醫(yī)藥大學，努力躋身于全國具有鮮明特色的高水平大學行列。

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